miércoles, 14 de enero de 2009

Un Bioinformatiquillo cambia de dirección

Tras un tiempo adecuando un nuevo sitio para alojar a este blog y migrarlo a Worpress, he de comunicar a todos mis lectores que este blog cambia a la siguiente dirección:


Esto solo afecta a las personas que ven el blog desde el explorador de la manera canónica, para aquellas que usen un lector de feed, en principio no van a tener ningún problema ni van a tener que modificar nada, pues únicamente he cambiado la fuente que nutre a la dirección de Feedburner:


También agrader a Ekhtor de Linuteca.com el apoyo que me ha ofrecido de manera altruista para dar este importante salto, si el cual no hubiera podido suceder con tanta rapidez.
Además, mantendré este sitio vivo hasta el domingo 13 para que nos adaptemos todos al cambio y las entradas registradas hasta esa fecha permanerán por si hay enlace antiguos.
Para finalizar, agraceder a todas las fuentes y a todos los lectores del blog, y esperar que os ayude a adoptar una filosofía libre en todo lo que realicéis.

Nos vemos en Freehostia.

sábado, 2 de agosto de 2008

Personalizando plantilla LyX

En los últimos días he aprendido mucho para personalizar mis textos realizados con LyX, ese maravilloso procesador de textos LaTeX, y me he dado cuenta de que cuando pones código LaTeX, LyX detecta que eres un tío estudiado y le da preferencia sobre lo que estipula la plantilla. A continuación, algunas cosillas que me han servido para la edición de la plantilla para publicar artículos en mi blog "Discursiones acerca de la vida", la cual puedes descargar aquí. [ATENCIÓN: Las siglas ERT signifcan Evil Red Text, y representa el texto que se incluye en el documento como código LaTeX (Insertar ---> Código LaTeX)].

1. Podemos forzar un espacio ( ) pulsando Ctrl+espacio o un salto de carro (
) pulsando Ctrl+intro.

2. Si quieres que en la portada quede algo más que el título y el autor tienes que hacerlo de la siguiente forma:
ERT: \begin{titlepage}
TEXTO PORTADA
ERT: \end{titlepage}
TEXTO FUERA

[En algunos tipos de documento, debemos además acortar el texto que queda fuera de la plantilla: ]

ERT: \begin{notitlepage}
TEXTO FUERA
ERT: \end{notitlepage}

3. Si queréis que vuestro texto quede centrado es muy similar y se hace así (esto se puede hacer directamente desde la interfaz de LyX, pero si lo utilizáis para centrar el texto de una portada, por ejemplo, es más rápido):
ERT: \begin{center}
TEXTO
ERT: \end{center}

4. Para cambiar los márgenes predeterminados en una determinada zona de texto, en el preámbulo LaTeX añadimos:
%ampliar márgenes cabecera
\def\changemargin#1#2{\list{}{\rightmargin#2\leftmargin#1}\item[]}
\let\endchangemargin=\endlist

Y definimos el texto que queremos modificar:
ERT: \begin{changemargin}{-2cm}{-2cm}
TEXTO
ERT: \end{changemargin}

5. Insertar imagen con un ancho determinado (no necesitamos poner ni la dirección ni la extensión de la imagen, solo el nombre):
ERT: \includegraphics[width=19cm]{nombreimagen}

6. Insertar imagen con vínculo web:
ERT: \href{http://bioinformatiquillo.freehostia.com}{\includegraphics[width=19cm]{nombreimagen}}

7. Cambiar el tamaño del texto y determinar separación entre líneas:
ERT: {\Huge TEXTO}\\[0,5cm]
{\Large TEXTO}
[* El tamaño de una letra puede ser, de menor a mayor: \tiny, \scriptsize, \small, \normal, \large, \Large, \LARGE, \huge, \Huge)] Más información sobre fuentes.

8. Para personalizar la cabera y pie de página añadimos este preámbulo LaTeX (% sirve para comentar):

%cabecera y pie

\usepackage{fancyhdr} %activamos el paquete

\pagestyle{fancy} %seleccionamos un estilo

\lhead{TEXTO} %texto izquierda de la cabecera

\chead{TEXTO} %texto centro de la cabecera

\rhead{\thepage } %número de página a la derecha

\lfoot{TEXTO} %texto izquierda del pie

\cfoot{\includegraphics[width=11cm]{heado2}} %imagen centro del pie

\rfoot{TEXTO} %texto derecha del pie

\renewcommand{\headrulewidth}{0.4pt} % grosor de la línea de la cabecera

\renewcommand{\footrulewidth}{0.4pt} %grosor de la línea del pie

9. Para evitar frases hermanas y huérfanas en el preámbulo LaTeX, escribimos:

\clubpenalty=10000

\widowpenalty=10000

10. Encales:

\usepackage[colorlinks=true, linkcolor=green, urlcolor=blue]{hyperref}

11. Portada sin fecha, escribir en preámbulo:

\date{}

12. Letra capital. (tenemos que tener instalado el paquete te-tex)
Preámbulo: \usepackage{lettrine}

ERT: \lettrine{S} [no ERT] eis y dos son sesenta y dos.

viernes, 6 de junio de 2008

Wolf4SDL 1.5: El Woldfenstein 3D de Linux

Fuente: LinuxJuegos

Wolf4SDL es una conversión del clásico juego Wolfenstein 3D, haciendo uso de las librerías SDL con el fin de facilitar el poder jugar al juego en diversas plataformas.

Para poder jugar es necesario tener alguna de estas versiones de Wolfenstein 3D:


  • Wolfenstein 3D v1.0, v1.1, v1.2, v1.4 shareware

  • Wolfenstein 3D v1.1, v1.4 completo de Apogee

  • Wolfenstein 3D v1.4 completo de GT/ID/Activision

  • Spear of Destiny demo, completo, o con los discos de misiones


Hay que modificar el fichero “version.h” del código fuente para indicar que versión del juego original es la que tenemos. Las versiones shareware pueden encontrarse fácilmente por Internet, por ejemplo aquí. Una vez compilado el juego, hay que colocar el ejecutable en el mismo directorio donde tengamos los ficheros del juego original, teniendo especial cuidado en tener todos los nombres de los ficheros en letras minúsculas.

La importancia de este tipo de revisiones de los juegos, es que nos permiten rememorar viejos tiempos sin necesidad de emuladores, en distintos sistemas operativos, y en diversas máquinas como la GP2x o la Dreamcast. Además, esta versión dispone de sonido digitalizado multicanal, la posibilidad de cambiar la resolución, y soporte completo para joystick.

VIA: Happypenguin

jueves, 5 de junio de 2008

XBox Media Center en paquete .deb

Fuente: UbuntuLife
XBMC es un media center para nuestro Linux, y a mi me parece que es uno de los mejores media center que existen, inicialmente se desarrollo para la consola Xbox, pero fue portado a nuestro querido sistema. Con un media center puedes ver tus peliculas, escuchar tu musica y ver tus imagenes favoritas.
Pues bien, ahora Oscar (Geinux) me comenta lo siguiente:

Esta noche me propuse compilar y empaquetar XBMC para Ubuntu y después de varios litros de cafe me quedo un bonito paquete (xbmc-i386-ubuntu_0.13244.deb)
con un peso de 169,6 MiB. Ahora necesito que me eches una mano, primero para testear el archivo y segundo para poner en marcha el torrent.Creo que es el mejor Media Center y es una oportunidad de comprobar su funcionamiento antes de su salida oficial.Las pruebas realizadas demuestran que este paquete es 100% funcional (*Dios lo quiera), pero pueden surgir problemas imprevistos. Cuando se ejecuta el programa crea una
carpeta en home, donde podéis experimentar metiendo nuevos Skins, sonidos y scripts.




Podeis descargaros el paquete desde Lincudo
ACTUALIZACION
: Repositorios para XBMC

Oscar me avisa de que tambien esta en los repositorios.

Hariamos lo siguiente:

Añadir a /etc/apt/sources.list las siguientes lineas:

deb http://ppa.launchpad.net/team-xbmc-hardy/ubuntu hardy main
deb-src http://ppa.launchpad.net/team-xbmc-hardy/ubuntu hardy main


Despues ejecutamos:

sudo apt-get update
sudo apt-get install xbmc

Para instalar XBMC

sudo apt-get install xbmc-piel-*

Para las pieles

sudo apt-get install xbmc-eventclients-*

Para los remotos

sudo apt-get install scripts-xbmc

para los scripts.

Y mas comentarios de Oscar, para que todo quede completito:

Después de revisar los paquetes oficiales creo que han cometido un error con las instalaciones del los skins (pieles), las pieles se instalan en home y no en el directorio /usr/share/xbmc/skin ya que no las puede leer (al menos en mi caso, por eso adjunte las pieles en un archivo comprimido). Entiendo que es un error pero tiene lógica, de todas formas tendrán que buscar otra forma de instalar las pieles ya que un paquete deb no puede instalar en home.

Otra cosa, el directorio opt me parece el mas indicado para una instalación de este peso. De todas formas creo que se puedo mejorar el paquete instalador.

Enlace | Xbox media center

miércoles, 4 de junio de 2008

Manual Ndiswrapper: Instalar drivers de Windows en Linux

Fuente: UbuntuLife

[YouTube Video]

Muchos de vosotr@s teneis problemas con Ubuntu porque no os detecta la tarjeta de red (ya sea interna o inalambrica tipo llave USB) y no podeis conectar a Internet. Esto en parte no es culpa de Ubuntu o de ningun otro Linux, le podriamos dar un pequeño tiron de orejas al fabricante del hardware, por no proporcionar un driver nativo para Linux. Con el tiempo ira cambiando, y seguramente dentro de poco no tengamos que pelearnos con compilar drivers, ni tonterias de esas para poder usar nuestro hardware en nuestro linux.

Pero para aquellos de vosotros que tengais problemas de conexion, tal vez esto os sirva de ayuda. Se trata de ndiswrapper y es una utilidad que nos permite usar la tarjeta de red en Linux a partir de los ficheros que se proporcionan con el driver de Windows. Es decir, usaremos el driver de Windows para poder conectar, pero usados dentro de nuestro Linux. A muchos no os servira, porque no estan soportadas todas las tarjetas, pero es cuestion de probar.

Me hubiera gustado comentar todo esto con un tutorial de los “buenos” pero por motivos temporales no podre escribirlo hasta dentro de unas semanas. De todas formas os dejo el siguiente video que cuenta paso a paso como instalar Ndiswrapper y configurar una tarjeta de red para poder usarla en Linux mediante esta aplicacion.

El video, por desgracia, esta en ingles, pero al ser grafico no es muy complicado de seguir. Asi que intentare hacer un resumen rapido.

Lo primero que hace el autor es usar el comando: “lspci” o “lsusb”. El primero es por si tienes una tarjeta de red interna, el segundo es para tarjetas basadas en USB. Con estos comandos nos aseguramos que el sistema las haya detectado correctamente y podamos utilizarlas.

Por ejemplo, en mi caso tengo un adaptador conceptronics inalambrico, asi que ejecuto:

jose@soledad:~$ lsusb
Bus 001 Device 001: ID 0000:0000
Bus 004 Device 002: ID 14b2:3c02 Atheros Communications Inc


Y veo que el sistema, al menos me la detecta y reconoce. Algo es algo.

Despues lo que hace es conectar a la pagina de ndiswrapper para bajarse el codigo de la aplicacion y compilarlo con el comando “make”.
Sin embargo y de acuerdo a lo leido en el blog de tac, ndiswrapper esta en el CD de ubuntu, asi que podriamos instalarlo siguiendo los siguientes pasos (no probado):

Después de instalar, y con el cdrom dentro del equipo se ejecuta

$ apt-cdrom add

para añadirlo a sources.list. A continuación, lo típico

$ apt-get install ndiswrapper-common ndiswrapper-utils-1.9

Bien, con ndiswrapper instalado. el autor del video se vuelve a conectar a la pagina de ndiswrapper y se descarga el driver de su tarjeta.

Listado de tarjetas soportado por Ndiswrapper

Aqui tu tendrias que buscar por la tuya (a ver si tienes suerte).
Te descargas el driver de tu tarjeta y lo descomprimes. Se te generara entonces una serie de ficheros, el que nos interesa es aquel que tenga extension .inf.

Para instalarlo con ndiswrapper se ejecuta con la opcion “-i”:

$ ndiswrapper -i fichero_con_extension_inf

Por ejemplo:

$ ndiswrapper -i bcmwl5.inf

Con esto se instalaria el driver para poder usarlo.
Ahora nos queda añadir ese interface de red. Para ello ejecutamos:

$ ndiswrapper -n

Se crea un alias llamado wlan0

Ahora levanta ese interface de red:

$ sudo ifconfig wlan0 up

Y si no hay problemas ya tienes ip nueva. Con ifconfig puedes ver la configuracion de red:

$ ifconfig

Prueba a hacer un ping para ver que tienes conexion:

$ ping www.google.com

Bueno y esto seria todo, lamento no poder detallarlo mas, pero espero que al menos sirva para que investigueis un poco, y consigais que funcione esa tarjeta de red puñetera.

Enlaces | LinuxJournal | Guia Ubuntu

martes, 3 de junio de 2008

Pack Elementary: iconos

Fuente: ThinkUbuntu

Hace tiempo os hablé de los iconos Elementary. Eran muy buenos salvo pequeños detallitos (como los iconos del Network Manager que eran los iconos por defecto del sistema).


Pues bien, hoy me dio por mirar si se actualizaron y ¡vaya si se han actualizado! Actualmente van por la versión 1.7 y yo me quedé en la 1.0, esta nueva y última versión es una auténtica maravilla.

Y no solo iconos, sino que el creador de los iconos nos deja además el Tema GTK Elementary y el Tema AWM Elementary. Tan solo he probado el tema GTK, pero debo decir que junto con los iconos dejan el sistema realmente bien.

TODOS los recursos podéis encontrarlos en la web que se ha creado para el proyecto “Elementary Project“, espero que sigan mejorando así de bien.

lunes, 2 de junio de 2008

Ubuntu Netbook Remix: el nuevo sabor de Ubuntu

Fuente: CesariusRevolutions

Mark Shuttleworth en una entrevista realizada por The Guardian reveló de una nueva versión de su distribución Ubuntu especialmente desarrollada para computadoras ultraportátiles diseñada en colaboración con Intel; esta última con un interés especial en ese sector. Se trata de Ubuntu Netbook Remix y estaría siendo anunciada en la primera semana del próximo mes de Junio.

domingo, 1 de junio de 2008

Google nos cuenta qué pelicula ponen en nuestro cine

Fuente: aNieto2k

Esta mañana Enrique del Pozo, un excompañero de trabajo y amigo, me abré una ventana de Google Talk y me dice:

Enrique: abre google y busca "iron man"

Y bueno, pues lo hice. Abrí una pestaña nueva de Firefox y tecleé el nombre de la película en el espacio destinado a las búsquedas en Google. Tras esperar 0.06 segundos, recibo con los resultados obtenidos, además de un opción extra, la primera, en la que me solicita que introduzca mi Ciudad o código postal.

Cuando lo hago, me lleva a una página en la que puedo consultar la cartelera para esa película en mi ciudad,.... increible.

Seguro que esta funcionalidad lleve meses funcionando para los usuarios en Inglés, pero me he quedado impresionado por las posibilidades que podría tener esto. Muy bien por Google.

sábado, 31 de mayo de 2008

Imaser 2.2 por fin ha visto la luz

Fuente: aNieto2K

Alex Barros, nos vuelve a dejar boquiabiertos con una nueva versión de Imaset. Para mi uno de los mejores plugins para gestionar, manipular las imagenes que subimos a nuestro Wordpress.

imaset_vistazo


En esta nueva versión, además de hacerlo compatible con Worpress 2.5, nos ofrece una serie de mejoras realmente interesantes:

  • Mejor calidad en la previsualización, y más respeto a las imágenes PNG en el canal alpha

  • Dos nuevos filtros

  • Transferencia correcta de Marcas de agua con PNG

  • Interfaz mejorada, y adaptada al nuevo look de WP


imaset_botonero Que además de los filtros disponibles para las imagenes podemos tener un control casi total de lo que queremos mostrar y como lo queremos mostrar.

  • Sombra

  • Marco

  • Reflejo

  • Reflejo3D

  • Brillo

  • Perspectiva

  • Glossy

  • Invertir colores

  • Colorizar

  • Desenfoque suave

  • Desenfoque fuerte

  • Desenfoque gaussiano

  • Marca de Agua

  • Redimensionar


La instalación es tan simple como la de cualquier plugin para Wordpress:

  • Descarga el archivo imaset_2-2.zip

  • Descomprime el contenido en tu ordenador

  • Sube la carpeta imaset/ por ftp a tu servidor, en la carpeta wp-content/plugins/

  • Activa el plugin en la sección Plugins del panel de administración Wordpress

  • Ya está!


[Descargar]

viernes, 30 de mayo de 2008

Cómo girar un video

Fuente: MundoGeek

Para girar un video fácilmente podemos utilizar el programa mencoder, un codificador de vídeo de línea de comandos creado por la misma gente que está detrás de MPlayer.

Tendríamos que escribir algo así:

mencoder -vf rotate=1 -oac copy -ovc lavc entrada.avi -o salida.avi

Con -vf podemos añadir filtros con los que procesar el vídeo. En este caso añadimos un filtro rotate (rotar) para girar el vídeo. El número que sigue a rotate es un parámetro que indica si queremos rotar 90 grados e invertir (0), que es el comportamiento por defecto; rotar 90 grados (1), rotar 90 grados en sentido antihorario (2) o rotar 90 grados en sentido antihorario e invertir (3).

Con -oac podemos indicar el códec de audio a utilizar para codificar el vídeo. Podemos usar copy para copiar el audio del vídeo original sin modificar, pcm para usar pcm sin compresión; mp3lame para comprimir a mp3 usando LAME o lavc para usar un códec de la librería libavcodec.

-ovc es similar a -oac, pero en este caso lo que seleccionamos es el códec de vídeo. Con copy indicamos que no queremos recodificar el vídeo (que evidentemente en este caso no es lo que queremos), con raw codificamos a un formato sin compresión y con lavc se utiliza un códec de la librería libavcodec.