Conexión a cviugr-v2 con Ubuntu Gusty

Fuente: Solo en viernes

Ya se comentó aquí hace algún tiempo el problema para conectarse a la red WPA (cviugr-v2) de la Universidad de Granada. El problema estaba en la versión de NetworkManager que no tenía soporte para phase2, pero Ubuntu Gutsy ya incorpora la versión 0.6.5 y ya se puede conectar. Para los que usen versiones anteriores a Gutsy Gibbon tienen dos opciones: o instalan los paquetes de Gutsy (con sus dependencias) o siguen conectándose mediante script.

Bueno, ahora vamos a la configuración, la cuál resulta muy sencilla:

1. Tipo de red: WPA empresarial (versión 1)
2. Método EAP: TTLS
3. Tipo Phase2: PAP
4. Identidad: nuestro_usuario@correo.ugr.es
5. Contraseña: contraseña_de_usuario
6. Identidad anónima: anonymous@ugr.es

Y con esto todo debería ir como la seda. Aquí dejo una captura, por si es de utilidad.

GrubEd, editor gráfico de la configuración del grub

GrubEd es una herramienta gráfica que nos permite editar muchas de las características de nuestro grub.

Antes de instalar este programa, recomiendo hacer una copia de seguridad de nuestro archivo de configuración por si las moscas. Para ello, tecleamos:

$ sudo cp /boot/grub/menu.lst /boot/grub/menu.lst.backup

Es siguiente paso es descargar el archivo desde aquí y lo guardamos en la carpeta que deseemos.

Descomprimimos y abrimos la carpeta desde un terminal y escribimos:

$ sudo ./instalar

Con esto ya tenemos instalada la aplicación en nuestro sistema, ahora para ejecutar el programa existe dentro de la carpeta un instalador, el cual podemos copiar en el escritorio o ponerlo en nuestro menú de aplicaciones.

Al ejecutarlo, aparecerá una ventana en la cual, podrás editar las siguientes características:

- Ayuda:
Despliega este archivo de ayuda.

- Cambiar el SO de arranque:
Despliega una lista de los Sistemas Operativos instalados disponibles en el menu.lst, doble click en un SO para dejarlo por defecto.

- Ajustar el tiempo de espera:
Esto ajusta el tiempo de espera del Grub. El tiempo de espera es el tiempo en segundos que el grub espera hasta que bootea el SO por defecto, el tiempo de espera se cancela presionando las flechas del teclado, solo se permiten números enteros y positivos, de lo contrario se esperan efectos desconocidos, si deseas deshabilitar esta opción utiliza 'Habilitar / Deshabilitar el tiempo de espera'.

- Habilitar / Deshabilitar el tiempo de espera:
Habilita o deshabilita el tiempo de espera del grub.

- Ocultar / Mostrar Grub:
Oculta o muestra el menú grub, si deseas ocultarlo, este se comportará normalmente, y si lo deseas 'mostrar', solo presiona la tecla 'Esc'.

- Ajustes de Color:
Esta opción te permite habilitar o deshabilitar el color, al igual que los esquemas.
Crear un esquema es simple. Primero seleccionas 2 colores de los NO-SELECCIONADOS, 'Primer plano' es el color del texto y 'Fondo' es el color de fondo, luego seleccionas colores para los SELECCIONADOS, una vez terminado, los cambios se aplicarán.

- Ajustes de imagen de splash:
Esto abre un nuevo menú en el cual puedes habilitar, deshabilitar o elegir la imagen de splash.
Puedes utilizar la imagen de ejemplo o hacer la tuya, y esta DEBE tener las siguientes características:
640x480 pixeles.
solamente debe ser de 14 colores.
formato .xpm.gz.

Aunque la imagen no necesariamente debe estar en .xpm.gz, este script trabaja con ese formato, y cualquier otro te dará un error. Cuando la hayas seleccionado, es mejor copiarla en /boot/grub/images. Aunque igualmente puede estar en cualquier otro lugar, es más rápido y limpio que se encuentre en el lugar correcto.

Al parecer al grub no le gusta este asunto de los colores y el splash, y al tener ambos puede causar conflictos, por lo que te recomiendo que elijas una de los siguientes combinaciones:

Splash habilitado, colores deshabilitados o,
Splash deshabilitado, colores habilitados o,
los dos deshabilitados.

- Habilitar / Deshabilitar memtest86:
En algunos sistemas el 'memtest86' se añade automáticamente al menú. Si no lo quieres así, deshabilítalo y 'Actualizar grub' para que los cambios funcionen.

- Cambia el número de kernels desplegados en el menú:
Con esto ajustas el número de kernels desplegados en el menú.
Por defecto muestra todos (all) los kernels, puedes seleccionar un número, pero si seleccionas '0', est eserá ignorado, ya que seleccionar '0 kernels desplegados' es una mala idea, también puedes utilizar 'all' (todos), cualquier otra opción producirá malos resultados, debes aplicar 'Actualizar
grub' para aplicar los cambios.

- Edición directa:
Esto mostrará tu actual menu.lst, debes tener mucho cuidado y seguir al pie de la letra la indicación para cada función, esta opción es útil si quieres editar algo que no puedas con este script.

- Actualizar Grub:
Lanza el comando preinstalado 'update-grub' que escanea tu sistema en busca de SO y kernels. Es recomendado que respaldes el menu.lst antes de ejecutar esta opción.

- Reiniciar:
Reinicia tu equipo, te pedirá confirmación. No te alarmes si tu pantalla cambia a un termnial, es normal. Y como siempre antes de reiniciar o apagar, guarda y cierra los programas abiertos.

- Respaldo:
Esto creará un respaldo de tu actual grub y lo llamará 'menu.lst.GruBK'.
Es recomendado que utilices esta opción antes de cualquier otra.

- Restaurar:
Esta opción restaurará el grub respaldado, siempre que exista alguno.

Abrir pestaña en consola

Fuente: UbuntuLife

Un pequeño tip que he descubierto para la consola de comandos de gnome: gnome-terminal y que puede venirte muy bien si p.ej conectas a muchas maquinas o sueles tener abiertas muchas pestañas.

Si ejecutas gnome-terminal con el parametro –tab (ojo son 2 guiones) se abre una terminal nueva con una pestaña. Puedes ir añadiendo tantas como quieras:

$ gnome-terminal --tab --tab

Si a esto le añadimos el parametro -e o -x nos permite ejecutar un comando. Por ejemplo:

$ gnome-terminal -e "telnet maquina1" --tab -e "telnet maquina2" --tab -e "telnet maquina3"

abre una consola de terminal con 3 pestañas y en cada una de ellas esta la session de telnet a la maquina remota.

No he conseguido que ejecute comandos que no esperen la introduccion o pulsacion de una tecla, los ejecuta y se cierra el terminal, pero de todas formas puede servirte bien en este ultimo caso, si sueles conectar a otras maquinas remotas mediante telnet o por ejemplo para vigilar la salida de algun fichero (con un tail -f ).

Para la lista completa de comandos que admite gnome-terminal ejecuta:

$ gnome-terminal --help

Por ejemplo el de geometry nos permite colocar la consola en las coordenadas (posicion de pantalla) que queramos.

Gráfico con tu email

Fuente: InformatiKos

Email Icon Generator es una web en la que podras crear un gráfico, diferente para cada servicio de email, en la que se coloca la dirección de email que hayas puesto, un ejemplo:

Soporta 25 proveedores de email y como se puede comprobar el diseño es bastante bonito y útil para evitar que los robots de Spam consigan tu email.

Enlace: Email Icon Generator
Fuente: DosBit

Lectores de feeds de escritorio

Fuente: HacheMuda

Los feeds, al igual que los favoritos, son sagrados. Y hay que guardarlos, ordenarlos y mantenerlos bien. Yo prefiero usar un lector de escritorio en vez de uno online, y he estado buscando opciones para poder elegir. Al final me quedo con el que he usado siempre, pero bueno, ahora sé que hay unos cuantos proyectos más que están evolucionando rápido y con un poco de tiempo van a ser muy buenos.

Ahí va una recopilación con lo que he encontrado y un pantallazo de cada uno para ver el aspecto en general:

Liferea

Es el que he usado siempre, y el que voy a seguir usando por ahora. Cuando llegas a un número de feeds elevado se vuelve un poquín lento, pero funciona realmente bien. Integrado en Gnome, muchas funcionalidades y buena organización. Las búsquedas en todos los canales funcionan de maravilla, y se queda minimizado en el área de notificación cuando no lo estás usando. Por ahora, el mejor.

Blam!

Desarrollado sobre la plataforma Mono, este lector para Gnome tiene todo lo que puedes necesitar, salvo la organización de feeds por carpetas. Personalmente lo echo de menos, porque cuando estás suscrito a muchos canales tienes que organizarlos de alguna manera. Por lo demás, funciona muy bien y muy rápido.

Straw

De los que no conocía, es el que más me ha gustado. Integrado en Gnome, con icono en el área de notificación, funciona muy rápido y es muy sencillo. Tampoco permite organizar los canales por carpetas, cosa esencial para mí, por lo que por ahora se queda a un lado. Si continúa por el mismo camino puede llegar a ser un serio aspirante al título, :)

Yarssr

No lo he probado, porque al parecer es un programa que se basa exclusivamente en el icono del área de notificación. Desde él, accedes a tus feeds en un menú desplegable y te muestra los últimos posts. No lo he probado porque es evidente que para muchos canales es impracticable, pero si sólo quieres tener unos pocos puede ser un buen programa.

Akregator

Es el lector oficial de KDE. Tiene todas las funcionalidades que se pueden pedir y funciona muy bien. No lo he usado mucho porque no tiene una versión para Gnome, pero sin duda es el más conocido y usado de los lectores para KDE.

Snownews

Este es un regalo especial para los amantes incondicionales del terminal. Es un lector de feeds en modo texto.

Hay otros que no he probado, no he conseguido hacer funcionar o bien son ya proyectos que no se actualizan mucho: RSSOwl, RawDog, Syndigator.

¿Conoces alguno más?

PicPuz: crea puzzle desde fotos

Fuente: HacheMuda

PicPuz es un programa que te permite crear puzzles a partir de tus fotografías. Los creas con el número de piezas que tú quieras (le dices el tamaño en pixels de las divisiones) y ya puedes ponerte a encajar las piezas para conseguir la imagen original usando el ratón. Puedes pedirle pistas para que te eche un cable, guardarlo para otro momento o volver a cargar alguno de los puzzles que tienes a medio resolver.

Instalación:

1. Descarga la última versión (fichero .tar.gz).
2. Descomprime el .tar.gz, accede al directorio que ha creado y ejecuta el fichero picpuz.x.
3. Si no funciona, compílalo de nuevo ejecutando el comando sh picpuz-build.sh y vuelve a ejecutarlo.

QDvdAuthor: crea tus dvd´s

Fuente: UbuntuLife

Seguramente has comprado tu pelicula favorita y la tienes en tu biblioteca de pelis particular. Cuando coges tu pelicula favorita y la introduces en tu lector de DVD, salta el menu principal y te permite seleccionar las pistas que quieres ver, si quieres o no añadir subtitulos o incluso ver algun extra.

¿No te gustaria crear tu propio DVD? ¿Tu propio menu, con tus animaciones o musica?.

Por ejemplo tienes tu serie favorita y quieres guardar cada uno de sus episodios, o los videos de tu boda, o de tu viaje a paris… que se yo.

Pues de eso se trata. de crear la estructura de tu DVD, añadir el menu que quieras, añadir los botones y navegacion, e incluso la musica.

He analizado alguno que otro programa para Linux. En Windows uno de los mejores es DVD Remake. Para Mac, iDVD.

En Linux me quedo con QDvdAuthor. Es genial, te deja insertar imagenes, animaciones, botones animados, efectos, scripts, etc… Creo que seria interesante que colgara un tutorial, ¿no?. Si no me da problemas, lo subire entre la proxima semana y la siguiente.

No es nada complicado utilizar esta aplicacion, te permite seleccionar la imagen de fondo para el menu, añadir los botones o videos de navegacion, insertar capitulos de video, etc… si no voy mal de tiempo en las proximas semanas colgare un tutorial de su manejo.

Os dejo una captura de mi proyecto actual ^_^

De momento vete instalandotelo:

$ sudo apt-get install qdvdauthor dvd+rw-tools dvd95 dvdauthor devede

Balloonist, crea comics y viñetas

Fuente: UbuntuLife

Estaba buscando una aplicacion para crear los bocadillos de una viñeta comica. Habia decidido o crearlos con Inkscape o con Gimp, de hecho encontre un buen tutorial. Pero al final buscando..buscando he dado con Balloonist.

Balloonist es una aplicacion Java que de una manera muy sencilla nos permite crear los bocadillos para una imagen, asi, de esta manera podriamos crear facilmente nuestras propias historietas o comics.

He de advertir que no es software libre, si te gusta tienes que comprarlo y registrarte, pero de todas formas esta disponible para evaluacion. Puedes descargarlo para Mac, Windows y Linux.

En el caso de Linux, descargate el fichero y lo descomprimes. Una vez descomprimido, Para ejecutarlo usa el siguiente comando:

$ java -jar balloonist.jar

(Requiere que tengas instalado las librerias de java runtime en tu maquina).

El programa es muy sencillo de manejar, puedes cargar las imagenes que quieras como fondo de las viñetas y en la parte izquierda de la aplicacion dispones de los diferentes bocadillos. Seleccionas el bocadillo deseado y lo arrastras sobre la imagen. Puedes editar sus propiedades, cambiar el color, la forma, y el texto que incluye el bocadillo. Te animo a probarlo.

Si usas photoshop, en esta pagina puedes encontrarte ya muchos “balloons” predefinidos para descargar.

Tutorial para crear balloons con Inkscape

Bueno espero vuestros comics !!! ^_^, ahora ya no podeis decir que no…

Distribuciones para bioinformática

He recopilado una serie de distros muy útiles para la bioinformática, yo aún no sé utilizarlas, pero todo se andará.

Fuente: Bioinformática

Hace tiempo que llevo dándole vueltas a la cabeza acerca de cuál es el mejor sistema operativo para hacer bioinformática (aquí se me nota que estudié Ingeniería Informática). Y si os soy sincero, lo único que he sacado en claro es que no es Windows :-) Éste es el primero de una serie de artículos sobre sistemas operativos y bioinformática, e intentaré mencionar los sistemas más representativos.

Much@s de nosotr@s estamos usando distribuciones Linux (Debian/Ubuntu/etc, RedHat/Fedora, SuSE/OpenSuSE, Madrake/Mandriva, Gentoo, etc...), Unix (FreeBSD, Solaris/OpenSolaris, IRIX, Tru64, HP/UX, AIX, ...), Mac OS X, ¡o incluso Windows! Y tod@s nosotr@s, en mayor o menor medida hemos sufrido con los siguientes problemas:

1. Tras leernos un artículo, hemos querido instalar un programa o librería (por ejemplo, t-coffee o BioPerl), pero como no hay paquetes instalables para nuestro sistema, hemos tenido que compilarlos a mano.
2. Como estos programas y librerías dependen muchas veces de paquetes que no están en nuestra distribución/sistema operativo, ¡también los hemos tenido que compilar!
   
3. Pasa el tiempo, y hemos querido actualizar el sistema operativo, y entonces, ¡se va todo al garete! ¡Vuelta a empezar!

1. Gentoo

Hace un par de años estaba ya totalmente harto de compilar, por todo el tiempo que perdía buscando qué tenía que instalar, probando, etc... Además, también estaba harto de que cada vez que actualizaba el sistema operativo, pudieran surgir problemas entre lo que compilé y lo que se ha actualizado. En ese momento pensé en usar algún sistema operativo con actualizaciones continuas, como alguna variante de Debian Linux, FreeBSD o Gentoo Linux (éstos dos últimos para los radicales entre los radicales). Por curiosidad, me puse a ver qué paquetes había disponibles en Gentoo, y quedé gratamente sorprendido al encontrar muchos relacionados con la bioinformática. Si mirais en:

http://packages.gentoo.org/packages/?category=sci-biology

vereis lo que hay disponible de serie para la biología/bioinformática. Aunque Gentoo Linux es una de las distribuciones más complicadas (todo paquete lo compila el sistema antes de ser instalado), me volví un radical entre los radicales al ver que buena parte del trabajo ya lo tenía hecho, ¡dado que es el sistema y no yo quien tiene que compilar! ¿Alguno de vosotros ha intentado alguna vez instalar molmol? ¡Es una pesadilla hacerlo a mano! ¿Y mantener al día BioPerl o mySQL? Seguro que sí.

Todos los sistemas operativos disponen en mayor o menor medida de un sistema de gestión de paquetes. Casi todos los paquetes disponibles están en formato binario: los programas ya están compilados, y el sistema de paquetes tiene que plantar los ficheros y poco más. Una opción no tan conocida (disponible en casi todas las distribuciones Linux) es la posibilidad de usar paquetes-fuente: sólo contienen las instrucciones de compilación.

Tanto Gentoo Linux como FreeBSD optan por esta alternativa, para preparar los paquetes 'a medida' del sistema que tenemos. El gran inconveniente de este método es el tiempo que pierde el sistema compilando los programas y librerías. ¡Imaginaos cuánto tiempo puede llevar instalar un sistema completo, con todas las herramientas, programas y librerías! ¡Alrededor de una semana! Sin embargo, una vez hecho esto os puedo asegurar que R, BioPerl, NCBI Blast, ClustalW, etc... van a funcionar mejor de lo que pensais.

2. EMBnet

Continuando con la serie de artículos sobre la Bioinformática en su vertiente más 'cacharrera', me he encontrado con que EMBnet genera periódicamente un DVD con un sistema Linux completo. Dicho DVD contiene el software más usado en bioinformática (en todas sus vertientes), preinstalado en el mismo. Lo mejor de todo es que el DVD es Live, lo que permite que puedas usarlo sin necesidad de instalar nada en tu ordenador. La noticia me llegó a través de un correo del reponsable del nodo EMBnet en España, J.R. Valverde:

Hola a todos,

está disponible una nueva versión del DVD 'en vivo' de EMBnet. Quien
desée una copia puede solicitarla (bajando un DVD virgen) en el servicio de
Informática Científica, EMBnet/CNB.

Para usuarios externos, hay una copia disponible en nuestro servidor
WWW y FTP:

ftp://ftp.es.embnet.org/pub/EMBnet/LiveDVD/
http://www.es.embnet.org/Services/ftp/EMBnet/LiveDVD/

El DVD 'en vivo' de EMBnet está disponible solamente para trabajar con
ordenadores PC. Contiene un sistema operativo Linux y una multitud de programas
tanto científicos como de oficina.

Para usarlo basta arrancar el ordenador con el DVD dentro. Al hacerlo
inicia un sistema Linux (independientemente de lo que contenga nuestro PC),
reconoce las particiones de Windows y da acceso a las mismas, y proporciona
acceso a una gran variedad de herramientas configuradas para trabajar
directamente que incluyen

- análisis de secuencias (EMBOSS...)
- análisis de estructura molecular (TINKER, Gromacs, SPDBV...)
- análisis de imagen y geles (ImageJ, GIM...)
- análisis químico (MPQC, PSI3, Ghemical...)
- matemáticas (R, MuPAD, SciLab...)
- software de ofimática (OpenOffice, Ximian Office...)
- servidor Web integrado con portal de trabajo en grupo
- software de videoconferencia

y mucho más.

El DVD 'en vivo' de EMBnet será la herramienta base que usaremos en los
próximos cursos de informática científica.

Muchas de estas herramientas están disponibles también para Mac. Si
necesitáis información, consultad con el servicio de Informática Científica
EMBnet/CNB.

Me lo acabo de descargar para probarlo, y nada más arrancar con él me he encontrado con una agradable sorpresa: ¡está basado en Gentoo! Nada más arrancar, pregunta el kernel que queremos usar. Si teneis problemas con los gráficos al arrancar, os recomiendo que useis 'gentoo-nofb', y en caso contrario, 'gentoo'. En ese momento se inicia el proceso de puesta en marcha del LiveDVD, que consiste en reconocer todos los dispositivos del sistema, autoconfigurar la red y el sonido. A partir de ese instante empieza a arrancar un sistema completo: mysql (bases de datos), apache2 (servidor web), cups (servidor de impresión), entorno gráfico, etc...

He de reconocer que para probarlo lo he sometido a condiciones extremas, porque he usado una máquina virtual creada con qemu para evitar quemar el DVD en cuestión. La máquina virtual era equivalente a un Pentium II con 1.2GHz y 128MB de memoria, y aunque el arranque ha sido muy lento (principalmente por las limitaciones que le he impuesto) ¡ha superado la prueba! Obviamente recomiendo usar un ordenador real, y que dicho ordenador tenga como mínimo 256MB o 512MB de memoria. El principal inconveniente de este LiveDVD es que sólo funciona en los PCs (ya sea con procesadores Intel o AMD), con lo que los usuarios actuales de ordenadores Apple (o arquitecturas más exóticas) quedan fuera.

En definitiva, si teneis miedo a que vuestro ordenador deje de funcionar al instalar Linux y sois usuarios esporádicos de programas bioinformáticos, este LiveDVD puede ser la solución para vosotros, al ser una de las soluciones menos invasivas.

Enlaces relacionados:

• Sitio con las imágenes ISO del LiveDVD de EMBnet.
• Para los que querais jugar con máquinas virtuales, instaladores de QEMU para Windows y Mac OS X.

3. Bio-Linux

Revisando correos y entradas de blog antiguos, me he encontrado con que prometí hablar hace casi dos años de Bio-Linux, y no lo hice (¡mea culpa!). Además es un buen momento, viendo algunos de los comentarios preguntando dónde encontrar software bioinformático.
Bio-Linux, como muchas distribuciones Linux de hoy en día, está disponible tanto en formato Live-DVD como para instalar en cualquier ordenador. Desde la versión 4.0, esta distribución está basada en Debian, añadiendo muchísimo software bioinformático, tal como se puede consultar en la lista online. Buena parte del software en la lista es:

• Desarrollo en bioinformática: BioJava, BioPerl, BioPython, BioRuby, APE, BioConductor, MCL, etc...
  
• Herramientas de visualización: ACT, Artemis, ATV, Blixem, ClustalX, Jalview, maxd, MView, NJPlot, RasMol, SeaView, Staden, etc...
  
• Herramientas básicas: NCBI Blast, ClustalW, EMBOSS, FASTA, FastDNAml, Glimmer, HAPPY, HMMer, MrBayes, Mesquite, MUMmer, Paml, QTL Cartographer, ReadSeq, T-Coffee, TREE-PUZZLE, Wise2, etc...

Todavía no he tenido tiempo de descargarme y evaluar el Live-DVD, pero por lo que contó Jan-Jaap (un compañero de trabajo) está muy bien para temas didácticos, al llevar tantas herramientas bioinformáticas en un solo DVD. Se quejó de que era un poco lento el uso del Live-DVD en portátiles, por tener que estar leyendo cada dos por tres. En cualquier caso, el reconocimiento de hardware funciona bastante bien, porque le reconoció el hardware del portátil sin problemas.

Con este DVD teneis la posibilidad de probar muchas herramientas bioinformáticas sin el engorro de tener que instalarlas. ¡Que lo disfruteis!